100,000 のゲノムの配列を解読してナイジェリアのゲノミクスに革命を起こす

ステファニーは、2021 年に編集アシスタントとして Drug Discovery News に入社しました。彼女は 2019 年にカリフォルニア大学ロサンゼルス校で博士号を取得し、Discover Magazine などに寄稿しています。

ヒトゲノムのまれな変異は、病気の理解と新しい治療法の開発に多大な影響を与える可能性があります。 科学者たちは、できるだけ多くの人々のゲノムを分析することでこれらの稀な変異体を探し、致命的な病気を治す鍵を明らかにするそのダイヤモンドを探しています。 ほとんどの遺伝子データベースには、ヨーロッパ系およびアジア系の人々のゲノム配列情報が豊富にありますが、アフリカ系の人々からの大陸全体に相当する遺伝データが欠けています。 アフリカ人に特有のまれな遺伝的変異が存在する可能性が高く、それにより非伝染性疾患を発症するリスクが高くなります。 将来のゲノムワイド関連研究にこの遺伝データを含めることで、科学者はアフリカ系の人が特定の疾患を発症する可能性をより正確に予測できるようになり、新たな遺伝子変異の同定が新たな治療法の開発につながる可能性がある。

アフリカの人々は 50 か国以上に住んでおり、さらに多くの民族グループの一員として、世界で最も多様な人々です。 しかし、2019 年には、アフリカの人口を含むゲノム研究はわずか 3% でした (1)。 2021 年に早送りすると、その数字は実際には 1.1% に減少しました (2)。

ロンドン衛生熱帯医学大学院のゲノミクス研究者であり、アフリカトランスレーショナルゲノミクスセンター（ACTG）の共同リーダーでもあるセグン・ファトゥモ氏は、「状況は現在さらに悪化している」と語った。 「アフリカの人々に対してさらにゲノム研究を行う必要がある。」

この傾向を逆転させるために、ファトゥモ氏と ACTG の同僚は、ラゴスとワシントン DC に拠点を置くバイオテクノロジー企業 54gene とともに、アフリカで最も人口が多く民族的に多様な国であるナイジェリアの 10 万人のゲノム解読に着手しました (3)。 ナイジェリアでは 500 の言語が話されており、300 の民族グループが住んでいます。 ナイジェリア人 10 万人の配列を解析することで、研究者は他の配列解析の取り組みと比較して、アフリカのゲノム多様性をよりよく把握できるようになります。 彼らのナイジェリア 10 万ゲノム プロジェクトは、アフリカ大陸では初めてのプロジェクトです。 これにより、ファトゥモ氏と彼のチームは、がん、心臓病、代謝性疾患、その他多くの非感染性疾患がアフリカ人にどのような影響を与えるかをより深く理解したいと考えています。 この取り組みにより、ナイジェリア人やその他のアフリカのゲノミクス研究者は、潜在的な疾患遺伝子を特定し、アフリカ人や世界中の人々に利益をもたらす新しい治療法を開発できるようになります。

私はナイジェリアのラゴスで6人の子供を持つ家族に生まれました。 弟はとても痛くてずっと泣いていました。 最終的に、彼が鎌状赤血球症を患っており、家族全員も鎌状赤血球の特徴を持っていることがわかりました。 鎌状赤血球の形質を持つということは、鎌状赤血球対立遺伝子が 1 つだけあるのに対し、鎌状赤血球症の人は 2 つの対立遺伝子を持っていることを意味します。 成長するにつれて、私は鎌状赤血球の特性を持っているため、マラリアから守られていることにも気づきました。 何が起こっているのかを理解したいと思ったので、遺伝子とそれが健康に果たす役割に興味を持ち始めました。

アフリカでは長年にわたり感染症が大きな問題となっている。 しかし近年、アフリカ諸国では腎臓病や2型糖尿病などの非感染性疾患が高所得国よりも速いペースで増加しています(4)。 これは憂慮すべきことであり、私たちはナイジェリア国民におけるさまざまな非感染性疾患の有病率を確実に評価したいと考えています。 ナイジェリアは民族性や話される言語の点で多様性に富んでいるため、出発点として最適です。

私たちは参加者からサンプルを集めた段階にあり、現在、サンプルのゲノム配列決定と全エクソーム配列決定を行っています。 ナイジェリアは 6 つの地政学的ゾーンに分かれているため、代表的なサンプルを確実に入手できるように、それぞれのゾーンの人々の順序を調べています。 私たちは、さまざまな病気の有病率を評価するために、農村部の人口と都市部の人口の間のゲノムの違いを調べています。 また、さまざまな病院で特定の非感染性疾患を患っている人々からもサンプルを収集しました。 私たちは腎臓病と鎌状赤血球症に焦点を当てています。

人々は本当に積極的に参加しています。その理由の 1 つは、サンプリングを開始する前にコミュニティとの関わりをたくさん行ったことです。 私たちは関係者、文化的指導者、宗教指導者、その他コミュニティの指導者と話をしました。 人々は、私たちが計画していることと、個人としてだけでなく、ナイジェリアに住む黒人や海外に住む黒人にとっても、私たちの研究の潜在的な利益を認識していました。 人々は自分の体の中で何が起こっているのかを知ることにとても興奮しています。

これまでにやったことのないことをやっているので、課題はたくさんあります。 100,000 個のサンプリングを開始する前に、人々が私たちを受け入れてくれるかどうかを確認するために、いくつかのサンプルを使用してパイロット調査を行いました。 誰かが自分の血液を採取することに非常に懐疑的な人もいます。 ナイジェリア人の中には、ジュジュがお金を稼ぐために他人に自分の血液を利用される可能性があると信じている人もいます。そのため、採血前に必ずインフォームド・コンセントを得て、彼らの血液をどのように使用するかを説明しました。

ナイジェリアは非常に多様性に富んでいるため、西部と南西部のヨルバ語、北部のフラニ語やハウサ語など、アンケートをさまざまな言語に翻訳する必要がありました。 それに加えて、すべてを現地の言語で解釈するのは非常に困難です。 ヨルバ語、フラニ語、ハウサ語には、「ゲノミクス」や「DNA」を直訳する言葉はありません。 私たちはそれらの言葉を、「あなたはあなたのお父さんとお母さんのもので、特徴を共有しているので似ています。」などと言って説明しなければなりません。

アフリカのゲノミクスコミュニティには非常に多くの変化がありました。 何年も前、人々は高所得国からアフリカにやって来て、私たちの国からサンプルを収集し、分析のためにサンプルを自国に飛行機で送りました。 彼らはここにいる科学者を考慮せずに研究を行っていたでしょうが、それは変わりました。 今、私たちはアフリカのさまざまな地域からサンプルを収集し、分析を行い、独自の論文を出版できるように、自国の人々を支援できる場所にいます。 もちろん、協力しないという意味ではありません。 私たちは世界中の他の科学者と幅広く協力していますが、アフリカでの研究の実施でも主導権を握りたいと考えています。 私たちは、ナイジェリアの 10 万ゲノム プロジェクトがアフリカのゲノミクス革命を推進すると考えています。 私たちは 100,000 ゲノムで止まるつもりはありません。 これは将来的にはアフリカの他の国々にも広がるでしょう。 アフリカのゲノミクス研究が遅れてほしくないので、私たちはとても興奮しています。 私たちはアフリカ人が私たち自身のゲノミクス研究の課題を設定している状況にあり、それは非常に重要です。

この研究の潜在的な利点に興奮しています。 心臓病の危険因子である血中コレステロールを低下させるPCSK9と呼ばれる遺伝子があります。 数年前、この遺伝子は、現在では血中コレステロールを下げるために非常に重要な薬の発見につながりました。 研究者たちがこの遺伝子を発見した唯一の理由は、研究にアフリカ系の祖先を持つ個人が含まれていたからです。 もし彼らにアフリカ系の人々が含まれていなかったら、今日この薬は存在していなかったでしょう。

ナイジェリア人集団には他のどの集団にも存在しない非常に多くの遺伝的変異が存在することがわかっているので、私たちが発見した遺伝子変異はさまざまな非感染性疾患と関連すると予想しています。 5年から10年以内に、腎臓病、2型​​糖尿病、または癌の治療法が見つかるといいのですが、それは誰にも分かりません。 この研究のおかげで発見されるかもしれない新薬にとても興奮しています。

このインタビューは長さと明瞭さのために編集されています。

ステファニーは、2021 年に編集アシスタントとして Drug Discovery News に入社しました。彼女は 2019 年にカリフォルニア大学ロサンゼルス校で博士号を取得し、Discover Magazine などに寄稿しています。

2023年2月号